Với việc chiến tranh sắp kết thúc, Quốc hội Lục địa rất cần ngân quỹ để điều hành quốc gia. Để đáp ứng với khủng hoảng tài chính, Quốc hội Lục địa xem xét đến việc chấm dứt sự tồn tại của Hải quân Lục địa. Một trong các nhân tố biện minh cho hành động này là rằng một lực lượng hải quân mở rộng của Hoa Kỳ chỉ khiến cho nước Mỹ tham dự vào các cuộc xung đột ở ngoại quốc. Hơn nữa, chi phí để duy trì một lực lượng hải quân thường trực đã làm cạn kiệt nguồn tài chính vốn đã quá eo hẹp của Quốc hội Lục địa.

Ngày 1 tháng 8 năm 1785, Quốc hội Lục địa với khó khăn về tài chính đã đem đấu giá chiến thuyền cuối cùng của Hải quân Lục địa là chiếc Alliance để lấy $26.000 đô la.[2]

Hải quân Lục địa đã bại trận nhiều lần trong những chuyến phiêu lưu của mình. Trong số khoảng 65 tàu (mới, cải biến, mượn, và chiếm được) phục vụ cho Hải quân Lục địa dịp này hay dịp khác, chỉ có 11 chiếc tồn tại sau chiến tranh mà không bị phá hủy, bị đắm hay bị chiếm giữ. Hải quân Lục địa đã không tạo ra được mối đe dọa lớn nào đối với sự độc tôn của Hải quân Hoàng gia Anh cũng như làm thay đổi chút ít cục diện chiến tranh. Tuy nhiên Hải quân Lục địa đã giữ được tinh thần và hồn của nước Mỹ trong lúc chiến tranh kéo dài, làm tăng thêm mối hy vọng một ngày 13 thuộc địa sẽ thành công trong cuộc tranh đấu của mình.